本中心前身為2001年成立之「生物技術研究發展中心」，2011年更名為「生醫暨光電跨領域研究中心」。過去以來，本中心研究發展主題與相關產學合作計畫具有良好績效，為符合學校與醫院跨域合作研究特色以及因應生技醫療產業需求，2024年更名「生物醫學工程研究中心」。藉以整合其他領域知識與技術，規劃生醫材料、生物工程、細胞與基因治療、組織工程與再生醫學之產業研究計畫，培育生物醫學工程跨域研究人才並協助相關產業研究發展。