應用科學與工程研究所是一個整合了本校理工學院內之數學、物理、化學、生命科學、電機工程與資訊工程六個學系的特色而成立的博士班研究所。 本研究所於九十一年八月一日設立。研究所的創立乃為因應高科技發展及資訊化時代的需要，整合相關領域之師資、設備與研究，共同開發新科技契機。 本所之發展方向與重點為生物科技、光電科技、資訊數學、計算機工程與電機工程等五個跨基礎科學與工程之科技領域。特色在培育應用科技人才，讓學生依其專業興趣及才能在五個領域中選擇一個專攻領域，做精深博廣之培養。

數學系學士班的教學目標為引導學生了解數學的基本理論，訓練他們的思考、分析、推理、判斷與表達能力及創新意識對碩士班則積極吸收國內對數學有興趣、有潛力的優秀人才，提供他們繼續深造的機會，並為國家培養科技研究人才以及提升國內數學教育所需師資。

物理學系成立於民國五十三年，民國六十三年增設研究所碩士班。為配合國家建設及社會發展的需要，大學部於民國九十一年分為物理組與光電物理組，培養結合物理基礎及光電技術的專業人才。同年，理工學院在原有系所的基礎上設立應用科學與工程研究所(博士班)，其中光電、材料、計算等領域與本系密切相關的部分可以視為本系研究所教育的延續，為本系及外校同學提供了一個絕佳的深造機會。

化學系之教育目標為培育國家社會所需之高級化學人才，課程設計著重於基礎科學與技術並重。除依照教育部規定必修科目外，另提供完善的選修課程，以拓展學生之知識領域，並培養學養精湛，且具創造力之科學家、企業家。

目前[112學年度]共有大學部學生505人，碩士班研究生52人，博士班研究生14人；分屬有機化學、無機化學、物理化學、分析化學、高分子與材料化學五個領域。

提供全國獨特生物醫學及生物資源專業課程領域，設立細胞和組織工程、精準分子檢測、分子農場、生物資訊科學等四個特色學程。生科系課程強化考取學士後醫學系和中醫系的能力。高強度產學合作、產業實習、及學用合一。設有國際交換生「4+1橋樑學程」，五年一貫學碩雙學位

生命科學系(Department of Life Science) 創系自1964年，傑出系友遍佈世界各地、各行各業。持續以「卓越師資+LIFE」特色培育優質的人才。

Lab environment：嶄新實驗室與豐沛的教學設備。
International exchange: 國際交流「4+1橋樑學程」。
Five-year consistent system：五年一貫學碩雙學位。
Ecosystem：生物醫學及生物資源專業課程領域。

電機工程學系具有優良傳統，系友在科技界表現傑出，完善的實驗及研究設備獲外界一致肯定。教師在執行教學改進與研究計畫成果豐碩，學生在全國性競賽中屢創佳績，各項表現均相當卓越。本系近年積極推動產學合作，提供學生至業界實習及工作的機會，以落實學用合一的目標。另外並與自強基金會合作開課，藉該會多樣化的「實務課程」來豐富本系的課程。本系也與國際及大陸多所大學及企業進行合作交流，提供學生赴外求學、交換甚至實習的機會。輔大是一所擁有全國最多元科系的國際化的綜合大學，因此本系擁有培育兼具人文素養、國際觀與跨領域整合能力科技人才之優勢。

資訊工程學系 C.S.I.E. 的教育理念，擬定教育方針，讓本系向一流系所目標邁進。
本系所主要以培育專業資訊人才，並輔以全人教育及各種學術活動，以培育具備理論、實務與創新能力的學生。

具有醫療背景與資訊工程技術的跨領域人才將是未來所必需的。利用不同領域之間的專業和資源，以多元的視角去分析問題、幫助社會產生更多創新的學術研究與應用知識。

本學程以「醫學資訊專業知識及問題解決」、「獨立思考及創新」、「溝通、協調及合作」「跨領域人文關懷精神」、「自主學習」等五項為教育目標。

人工智慧與資訊安全核心技術除了基礎電資基礎課程，如程式設計與開發、資料結構、演算法、資料庫設計、作業系統等外，完整包含了人工智慧與資訊安全的核心知識，包括機器學習演算法、大數據分析、人工智慧相關演算方法與程式開發；資訊安全相關的資安事件處理、網路管理、資安檢測及系統管理。

具有醫療背景與資訊工程技術的跨領域人才將是未來所必需的。利用不同領域之間的專業和資源，以多元的視角去分析問題、幫助社會產生更多創新的學術研究與應用知識。

本學程以「醫學資訊專業知識及問題解決」、「獨立思考及創新」、「溝通、協調及合作」「跨領域人文關懷精神」、「自主學習」等五項為教育目標。

本學程的特色，包含「醫學資訊基礎實務」、與「健康科技與應用」二項核心能力以實務導向為主，著重「醫學資訊開發」、「科技應用」實作能力，期許能快速銜接，進入職場。
結合輔仁大學附設醫院資源，發揮綜效，整合醫學與資訊之跨領域的醫療應用。